La definizione del piano sanitario aziendale è effettuata autonomamente dal medico competente, e si affidata perciò totalmente alla professionalità di quest'ultimo.
Solo in alcuni casi (amianto, silice, rumore, ecc.) le procedure per l'effettuazione della diagnosi sono stabilite dalle norme, ma viene data comunque la possibilità al medico competente di perfezionarle ed integrarle sulla base di ciò che ritiene più opportuno per i lavoratori.
Per la periodicità con la quale effettuare i controlli, (in alcuni casi stabilita dalla legge), il medico competente deve comunque tener conto dell'iter della malattia professionale di cui si occupa e dei fattori economici ed organizzativi dell'azienda.