L'igiene degli alimenti è intesa come l'insieme di tutti quei provvedimenti che impediscono la contaminazione degli stessi da agenti biologici, fisici o chimici.

Il pericolo di tipo fisico riguarda prevalentemente la presenza di corpi estranei nell'alimento (vetro, metallo, ossa, legno...), od una eventuale radioattività.

• La contaminazione chimica degli alimenti può derivare dalla presenza di:
• residui di contaminazioni ambientali (metalli pesanti o antiparassitari),
• contaminanti di processo (disinfettanti, detergenti, ecc.),
• residui di sostanze farmacologicamente attive,
• sostanze ad azione anabolizzante od ormonale.

Tuttavia i rischi di gran lunga più importanti nelle trasformazioni alimentari sono quelli di tipo biologico. Gli alimenti infatti possono rappresentare un terreno favorevole alla moltiplicazione microbica ed essere causa di infezioni e tossinfezioni alimentari.

Le infezioni alimentari sopravvengono in seguito al consumo di alimenti contenenti microrganismi vivi che, una volta raggiunto l'intestino si moltiplicano (infezione enteroinvasiva) e possono o meno produrre delle tossine (infezione enterotossica).

Numerosi sono i microrganismi responsabili di infezioni: accanto a forme la cui patogenicità è da sempre conosciuta, sono da ricordare i cosiddetti patogeni emergenti che possono diventare pericolosi in particolari condizioni (organismo debilitato, ecc.).

• Le infezioni più note sono:
• Salmonellosi
• Shigellosi
• Gastroenteriti varie provocate da: E. coli
• Yersinia enterocolitica, Campylobacter
• Plesiomones shigelloides
• Infezioni da Aeromonas hydrophyla
• Infezioni da Vibro spp.
• Misteriosi
• Brucellosi
• Gastroenteriti da enterococchi (streptococchi fecali).

Le intossicazioni alimentari sono manifestazioni patologiche che si determinano in seguito al consumo di alimenti contenenti tossine prodotte da microrganismi che si sono moltiplicati sull'alimento precedentemente al suo consumo.

Perché si manifesti l'intossicazione pertanto non obbligatoriamente ci deve essere il microrganismo, bensì è indispensabile la presenza della sua tossina.

• Le sole e vere intossicazioni alimentari di origine batterica sono:
• Intossicazione botulinica o botulismo
• Intossicazione stafilococcica

Esistono poi le cosiddette tossinfezioni alimentari in sensu strictu determinate dal consumo di alimenti contenenti sia tossine che batteri.

In questo caso la tossicità è data sia dalle tossine preformate sia da quelle prodotte da cellule vive ingerite con l'alimento all'interno dell'ospite.